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論文

Exploring of peptides with affinity to HER2 from random peptide libraries using radioisotope; Random hexapeptide libraries with fixed amino acid sequence at 1 and 2 positions

佐々木 一郎; 花岡 宏史*; 山田 圭一*; 渡辺 茂樹; 須郷 由美; 大島 康宏; 鈴木 博元; 石岡 典子

Peptide Science 2014, p.257 - 260, 2015/03

We have sought to establish drug discovery system using radioisotope (RI) labeled peptides which have high affinity to target proteins overexpressed in cancers. Of the target proteins, we chose the human epidermal growth factor receptor type 2 (HER2), a membrane protein overexpressed in various cancers to evaluate the drug discovery system. Three series of random hexapeptide libraries introduced a radioiodinated D-tyrosine (y(3-$$^{131}$$I)) to $$N$$-terminal were designed and binding assay with HER2-expressed cell lines were conducted in this study. First, we synthesized a series of random hexapeptide libraries with fixed amino acid sequence at 1 and 2 positions, y(3-$$^{131}$$I)X$$^{1}$$X$$^{2}$$X$$^{3}$$X$$^{4}$$X$$^{5}$$X$$^{6}$$. Non-radioactive random peptide libraries, yXXXXXX, were prepared by Fmoc-SPPS with an automatic peptide synthesizer. Radioiodinated y(3-$$^{131}$$I)XXXXXX were subsequently synthesized in 30-50% radiochemical yield. Binding assay using HER2-overexpressed cell line showed that high affinity (38-50% dose, n=6) was obtained with yIIXXXX, while other random peptide libraries were yielded low affinity (approximately 1% dose), which indicated that the system using RI labeled random peptide libraries have potential to discover peptide drug for cancer therapy. Preparation of other random hexapeptide libraries are being undertaken.

報告書

連続エネルギーモンテカルロコードMVP用中性子断面積ライブラリー作成コードシステム; LICEM

森 貴正; 中川 正幸; 金子 邦男*

JAERI-Data/Code 96-018, 121 Pages, 1996/05

JAERI-Data-Code-96-018.pdf:3.38MB

ENDF/B形式で表現された評価済み核データファイルを処理して、連続エネルギーモンテカルロコードMVPの中性子断面積ライブラリーを作成するコードシステムを開発した。本コードシステムは9つの単体コードによって構成されており、最新のENDF/B-VI形式の核データを処理することができる。本コードシステムを用いて、4つの評価済み核データファイル(JENDL-3.1、JENDL-3.2、JENDL-FUSIONファイル及びENDF/B-VI)から、原子炉の炉心解析や遮蔽計算あるいは核融合中性子工学において重要な核種のMVP中性子断面積ライブラリーを作成した。本報告には、MVP中性子断面積ライブラリーの形式、ライブラリー作成コードシステム及びその使用法について記述されている。

論文

Development and experience of mini-computer system for library materials

峯尾 幸信; 小松原 康敏; 板橋 慶造; 米澤 稔

1st Pacific Conf.on New Information Technology, p.195 - 203, 1987/00

図書資料の収集提供業務を効率的に行なうために、ミニコンピュータを利用したオンライン図書館データ処理システムを開発した。このシステムは、雑誌管理、図書管理および閲覧貸出の3つのサブシステムから構成されるもので、昭和59年度から運用を開始した雑誌管理サブシステムでは、1200種の雑誌の受入処理を中心に、製本管理や清算処理を行なっている。図書管理サブシステムでは、図書の購入処理および目録データの作成を行なうもので61年度から稼動している。また、閲覧および貸出業務を処理する閲覧貸出サブシステムは、62年度から運用を開始する予定となっている。本システムの導入により、雑誌の受入作業や清算処理の省力化と迅速化が進んだだけでなく、図書の目録データの作成ならびに修正作業が容易に行えるようになるなどの効果が表れている。

報告書

Benchmark calculations by the nuclearcriticality safety analysis code system JACS(MGCL, KENO-IV)

野村 靖; 片倉 純一; 内藤 俶孝; 小室 雄一; 奥野 浩

JAERI 1303, 152 Pages, 1986/11

JAERI-1303.pdf:4.56MB

原研で開発された臨界安全解析コードシステムJACSのうち、KENO-IVモンテカルロ・コードとMGCLデータ・ライブラリーの組合せによる計算の精度を検証するため、1980年以来多種多様な核燃料施設を模擬した臨界実験のデータを用いてベンチマーク計算が実施されてきた。これらの結果は、その都度JAERI-Mレポートその他に発表されてきた。本報告は、これらの計算精度検証に関する成果について、既発表のものを含め、他の結果を追加し、総合的に評価し、まとめたものである。記載した実験体及び計算ケースは、均質単一ユニット体系の17種類502ケース、均質複数ユニット体系8種類331ケース及び非均質体系16種類561ケースに上り、それぞれ実験体系、実験データ及び計算結果について簡明に記述してある。また、実効増倍率計算値にバイアス誤差を生ずる各因子を摘出し、その原因、影響について考察した。

報告書

PROF-DD; A code system for generation of multi-group double-differential form cross section library

森 貴正; 中川 正幸; 石黒 幸雄

JAERI-M 86-124, 57 Pages, 1986/08

JAERI-M-86-124.pdf:1.36MB

ENDF/B形式の評価済み核データファイルを処理して、多群二重微分型断面積ライブラリーを作成するコードシステムPROF-DDを開発した。本コードシステムは、MCFILEF,RESENDD,SPINPTF,PROF-DDXおよびDDXLIBMKの5ステップから構成されている。本コードシステムを使用することにより簡便に多群二重微分型断面積ライブラリーを作成する事ができる。また作図による比較を行なう事が出きる。作成されたライブラリーは、モンテカルロコードMORSE-DD、一次元および二次元SnコードANISN-DDとDOT-DDを用いる事によリ、核融合炉ニュ-トロニクス解析に使用する事ができる。本報は、PROF-DDコードシステムのユーザーマニュアルとして作成された。

報告書

汎用図形処理ユーティリティGPREPとLIBGR

平山 俊雄; 安積 正史

JAERI-M 86-023, 65 Pages, 1986/03

JAERI-M-86-023.pdf:1.06MB

トカマクコードのライブラリ・システム化の一環として、汎用的な図形処理ユーティリティを開発した。本ユーティリティルーティンは、図形データを一定の形式で、ファイル出力するプリプロセッサ"GPREP"と、その図形データファイルからデータを読み取り図形出力する"LIBGR"から構成される。"GPREP"により作成されたデータファイルは、書き込み時の情報が無くても読み出すことが出来るようになっており、異なる属性のデータで混然一体となった大量のデータを処理する上で極めて有効である。

報告書

FCA VI-1集合体によるNaボイド実験とその解析; FCAによる高速原型炉模擬実験報告

白方 敬章; 三田 敏男*; 後藤 義則*; 黒井 英雄; 弘田 実彌

JAERI-M 9931, 41 Pages, 1982/02

JAERI-M-9931.pdf:1.34MB

高速原型炉「もんじゅ」の外側炉心の組成を模擬したFCA Vl-1集合体において各種のNa void効果、具体的にはチャンネル閉塞効果、軸方向分布、中心Void効果、広領域Void効果等を測定した。一方AGLIライブラリー、JAERI-Fastセット等を用いて測定結果の解析を行った。その結果、中心Na Void効果の問題点か明らかになり、中心Void効果の解析のためには詳細群の取り扱いが必要であること、Naの3KeVの共鳴の断面積の大きさが重要な役割を演じていること、そしてAGLI/0およびAGLI/1ライブラリーのNaの断面積には問題が残されていることが明らかになった。

論文

Development of the computer code system JACS for criticality safety

片倉 純一; 内藤 俶孝; 小室 雄一

Transactions of the American Nuclear Society, 41, p.329 - 330, 1982/00

臨界安全評価コードシステムJACSの開発を行った。このコードシステムの特徴は、多群定数ライブラリー(MGCL)の作成から臨界計算およびその結果の評価までを一貫して行うことである。MGCLはENDF/B-IVの中性子核データを基に超多群(約7万点)の断面積をRESEND-Dで作成し、標準スペクトルあるいは減速方程式を解くことにより得られるスペクトルを重みにして作成する。エネルギー群構造は137群である。臨界計算は主にモンテカルロ計算コードを用いて行なう。モンテカルロ計算コードはKENO-IVを基にしているが、中性子の散乱および幾何形状の入力に改良を加えている。臨界計算の評価は、ベンチマーク計算の結果を用いてYENAコードにより行ない、未臨界性とその確率が得られる。JACSシステムは現在多くのベンチマーク計算で評価がなされている。

報告書

連立一次方程式を解くプログラムの開発と整備; SSLの拡充とベンチマーク・テスト No.4

藤村 統一郎

JAERI-M 7553, 28 Pages, 1978/03

JAERI-M-7553.pdf:0.98MB

科学計算用サブルーチン・ライブラリー(SSL)のベンチマーク・テストに先立ち、連立一次方程式をそれぞれ異なった方法で解くプログラム開発および整備を行った。整備されたプログラムは合同法、乗積型逆行列法、直交化法によるものや反復法を加速するものが主である。一方、開発されたプログラムはエスカレーター法、直接的平行残差法、それに帯形の系を対象とした区画化3重対角法によるもので、それらの使用法が述べられ、改良のための検討が行われている。また、テストのための簡単な例題とプログラム・リストも与えられる。

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